Cuando llega una licencia médica a la empresa, la primera pregunta del dueño de PyME es siempre la misma: quién paga esos días. La respuesta corta: el empleador no paga sueldo por el reposo autorizado; el trabajador recibe un subsidio por incapacidad laboral y lo paga su entidad de salud.
La confusión está en los detalles: los tres primeros días, el monto que llega —que casi nunca calza con el último líquido— y las cotizaciones que la empresa sí sigue pagando.
Los 3 primeros días
de una licencia de 10 días o menos no dan derecho al subsidio, y el empleador no está obligado a pagarlos. Desde 11 días, el subsidio se paga desde el día uno.
Durante una licencia médica autorizada se suspende la obligación del trabajador de prestar servicios y, con ella, la del empleador de pagar remuneración por esos días. El contrato sigue vigente; lo que cambia es de dónde sale el dinero.
| Concepto | Quién paga |
|---|---|
| Días 1 a 3, licencia de 10 días o menos | Nadie: no hay subsidio y el empleador no está obligado a pagarlos |
| Día 4 en adelante, licencia de 10 días o menos | Isapre, Fonasa o caja de compensación |
| Licencia de 11 días o más, desde el día 1 | Isapre, Fonasa o caja de compensación |
| Cotizaciones de pensiones y salud | La entidad que paga el subsidio |
| Cesantía 0,6% del trabajador (contrato indefinido) | La entidad que paga el subsidio |
| Cesantía de cargo del empleador (2,4% o 3%) | El empleador |
| Seguro de invalidez y sobrevivencia (SIS) | El empleador |
La regla, según la Dirección del Trabajo, es una sola: los tres primeros días de una licencia de 10 días o menos no dan derecho al subsidio y el empleador no está obligado a pagarlos. Si la licencia es de 11 días o más, el subsidio se paga desde el primer día, incluidos esos tres.
Pagar esos tres días es posible y varias empresas lo hacen como beneficio, pero es una decisión comercial y tiene que quedar escrita: si se paga por costumbre, después cuesta dejar de hacerlo sin discusión.
El monto no es el sueldo líquido del mes anterior. La base de cálculo es el promedio de la remuneración mensual neta de los tres meses calendario más próximos al mes en que se inicia el reposo, según el D.F.L. N°44 de 1978 y el compendio de la Superintendencia de Seguridad Social.
«Remuneración mensual neta» tiene una definición precisa: la remuneración imponible, sin considerar las remuneraciones ocasionales, menos las cotizaciones previsionales de cargo del trabajador y los impuestos. De ahí que un bono puntual o un mes con menos horas extra cambie el resultado.
Hay además requisitos de acceso: seis meses de afiliación y tres de cotización dentro de los seis anteriores al inicio del reposo. Sin eso, la licencia puede autorizarse igual, pero no genera pago.
Esta es la parte que se olvida y la que aparece después como diferencia en Previred. Mientras subsista la relación laboral, el empleador sigue pagando las cotizaciones de su cargo: el seguro de invalidez y sobrevivencia y su porcentaje del seguro de cesantía —2,4% en contrato indefinido y 3% a plazo, por obra o faena—. La entidad pagadora del subsidio cubre pensiones, salud y el 0,6% del seguro de cesantía del contrato indefinido.
En la práctica son dos tareas: declarar el movimiento de personal con las fechas exactas de la licencia y cuadrar la remuneración imponible del mes con los días efectivamente trabajados. Todo eso queda documentado en el libro de remuneraciones electrónico, igual que la semana corrida.
Los plazos también tienen dueño:
El retraso del empleador es la causa más frecuente de que el subsidio llegue tarde, y el trabajador puede reclamarlo ante la entidad de salud.
No. En licencias de 10 días o menos, los tres primeros días no dan derecho a subsidio y el empleador no está obligado a pagarlos. Si la licencia es de 11 días o más, el subsidio se paga desde el primer día.
Las de pensiones y salud las paga la entidad que paga el subsidio, junto con el 0,6% del seguro de cesantía del contrato indefinido. El empleador sigue pagando su parte del seguro de cesantía y el SIS.
Con el promedio de la remuneración mensual neta de los tres meses calendario más próximos al inicio del reposo, sin remuneraciones ocasionales. En 2026 el tope imponible es de 90 UF para pensiones y salud.
En el sector privado no: el subsidio se paga al trabajador. El pago íntegro con reembolso a la entidad empleadora corresponde a funcionarios afectos a normas estatutarias, no al Código del Trabajo.
Casi todos los conflictos por licencias nacen de lo mismo: un descuento mal hecho en la liquidación o un movimiento de personal que nunca se declaró. Con el registro bien armado, la pregunta de quién paga se responde sola.
En SolutionTax esto lo lleva directamente Mauricio Hurtado, contador auditor con magíster en tributación: precio fijo mensual, atención directa del fundador y contabilidad al día desde 2016.
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Si las licencias del mes ya quedaron mal declaradas, el manejo mensual de liquidaciones y Previred las corrige antes de que la diferencia crezca, y se puede tomar junto con la contabilidad mensual.
Fuentes: Dirección del Trabajo: requisitos del subsidio por incapacidad laboral y los tres primeros días · SUSESO: base de cálculo del subsidio (D.F.L. N°44 de 1978) · SUSESO: cotizaciones previsionales durante los períodos de subsidio · Superintendencia de Pensiones: topes imponibles definitivos 2026.
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